Kegiatan Bagian Anatomi dimulai sejak awal didirikannya Perguruan Tinggi Kedokteran pada tahun 1946 di Klaten. Pendiri Bagian ini ialah Prof. Drs. R. Radiopoetro dan Prof. dr. R. Soewasono. Selanjutnya pada tahun 1949 PT Kedokteran, termasuk Anatomi, pindah ke kawasan Mangkubumen sebagai Fakultit Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi Universistit Gadjah Mada, yang kemudian mandiri menjadi Fakultas Kedokteran UGM. Pada tahun 1966 terjadi perubahan, yaitu dikembangkannya Bagian Histologi di luar Bagian Anatomi, Embriologi & Anropologi. Dengan dibangunnya kampus FK UGM di Sekip, sejak tahun 1980 Bagian ini menempati bangunan yang ada sekarang. Pada Tahun 2008 terjadi perubahan yaitu Lab. Bio&Paleoantropolgi beserta staf pendidik dan kependidikannya terlepas dari struktur Bagian Anatomi, Embriologi dan Antropologi.
Sejak tahun ajaran 1980/1981, diselenggarakan Pendidikan Pascasarjana Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar, minat Anatomi, dengan subminat :
- Makroanatomi
- Embriologi
- Neuroanatomi dan
- Antropologi Ragawi
Program Unggulan
- Neuroscience
- Makroanatomi, Kinesiologi dan Biomekanika
- Embriologi