Departemen Anatomi adalah nama menurut Struktur Organisasi dan Tatakelola Fakultas di Lingkungan UGM tahun 2015 sebelumnya bernama Bagian Anatomi, Embriologi dan Antropologi. Kegiatan Departemen Anatomi dimulai sejak awal didirikannya Perguruan Tinggi Kedokteran pada tahun 1946 di Klaten. Pendiri Departemen ini ialah Prof. Drs. R. Radiopoetro dan Prof. dr. R. Soewasono. Selanjutnya pada tahun 1949 Perguruan Tinggi Kedokteran, termasuk Departemen Anatomi, pindah ke kawasan Mangkubumen Kompleks Kraton Yogyakarta sebagai Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi Universitit Gadjah Mada, yang kemudian mandiri menjadi Fakultas Kedokteran UGM. Pada tahun 1966 terjadi perubahan, yaitu dikembangkannya Bagian Histologi di luar Departemen Anatomi. Dengan dibangunnya kampus FK UGM di Sekip, sejak tahun 1980 Departemen Anatomi menempati Gedung Anatomi Histologi sampai sekarang. Pada Tahun 2008 terjadi perubahan yaitu Lab. Bio&Paleoantropolgi beserta staf pendidik dan kependidikannya terlepas dari struktur Departemen Anatomi.